Esta seção controla, planeja e gerencia os gastos financeiros dos 17 setores do ICB. Nela trabalham 2 funcionários do quadro técnico administrativo permanente da UFMG. A Seção de Contabilidade recebe periodicamente, de acordo com orçamento definido para a Universidade, toda a verba destinada ao ICB e proveniente do Governo Federal. É responsabilidade desta seção honrar os pagamentos e empenhos, em decorrência da administração, manutenção e sustentação da Unidade. Todos os gastos feitos a partir da verba enviada pela União são monitorados e contabilizados pela Seção de Contabilidade para a prestação de contas junto ao Sistema de Administração Financeira (SIAFI), on-line, no Ministério do Planejamento em Brasília.